ヤフオクで落札代金を支払う方法は、いくつかあります。これらは、出品者が出品時に選んで設定をします。手渡しや金券払いは、現在の（2008年8月）出品の際には、販売方法に含まれていませんので、商品詳細説明に書いておきます。
JNB電子マネー
銀行振込（ゆうちょ銀行含む）
受け取り後決済サービス（ヤフオク）
ヤフーかんたん決済
Yahoo!ネットバンキング
切手払い
商品券などの金券支払い
現金書留
手渡し
●JNB電子マネー
ジャパンネット銀行が、2008年8月5日より新たな決済サービスである「JNB電子マネー」を始めました。JNBマネーの導入により、さらに簡単に便利にヤフオクでの落札代金の決済ができるようになります。
●銀行振込
圧倒的に多いのは銀行振込ですが、銀行振込はネット通販などとは違い「前払い」が基本。前払いですから、「代金は振り込んだのに、商品が届かない」ということもあり得ます。ネットオークションでの詐欺の殆どがこのパターンです（他には偽物だったとか、全然別の商品が入っていたというような詐欺もあります）。
●受け取り後決済サービス
受け取り後決済サービスは、間にジャパンネット銀行が入り、入金はジャパンネット銀行でお預かり。商品を受け取ってから、受け取り確認をし、相手に落札代金が入金される仕組みです。商品を受け取ってから、落札代金が移動するので、詐欺対策になります。
●ヤフーかんたん決済
出品者が個人でも、クレジットカードで支払うことができるので、クレジットカードでの支払いが好きな人や、現金のないとき、銀行に残高がないときなどに便利です。かんたん決済で手続きしたことは、出品者にも連絡が行くので「振り込んだ？振り込んでない？」という心配もありません。また、すでにトラブルが報告されている口座へは振り込まれないので、詐欺対策にもなります。
●Yahoo！ネットバンキング
Yahoo！ネットバンキングは、ジャパンネット銀行を経由して代金を決済する方法です。必要なのはジャパンネット銀行口座と、Yahoo！IDです。オークション出納帳を利用して商品代金をワンタイム口座へ支払うと、手数料は0円となり、ジャパンネット銀行の振込手数料もかかりません。
●切手や商品券などの金券支払い
切手や商品券などの金券支払いは、落札金額が低額の場合によく使われます。
●手渡し
一番原始的な方法が手渡し。コンサートチケットなどの時間のない受け渡しの時や、大きい物を自分で引き取る（または引き渡す）時には、手渡しを使うこともありますが、割合的には少ないでしょう。